Spring Data JPA 可以理解为 JPA 规范的再次封装抽象，底层还是使用了 Hibernate 的 JPA 技术实现。要说差异，主要是比较的是 MyBatis 和 Hibernate。

由于 Hibernate 比 MyBatis 抽象封装的程度更高，理论上单个语句之心的性能会低一点（所有的框架都是一样，排除算法上的差异，越是底层，执行效率越高）。

但 Hibernate 会设置缓存，对于重复查询有一定的优化，而且从编码效率来说，Hibernate 的编码效果肯定是会高一点的。所以，从整体的角度来看性能的话，其实两者不能完全说谁胜谁劣。

Hibernate 是完备的 ORM 框架，是符合 JPA 规范的，但 MyBatis 不是。MyBatis 比单纯写 JDBC 肯定是方便一点，但无可避免还是要写SQL，且无法做到跨数据库 。Hibernate 使用 JPA 就可以无需考虑数据库的兼容性问题。

使用 Hibernate 的一个难点是，如何来设计对象之间的关系。如果是关系型数据库的话，表和表是通过外键来进行关联的。而在 ORM 中，则需要从面向对象的角度出发，来设计对象之间的关联关系。这个是需要思路上做一个转变的。

Spring 以及 Spring Boot 官方都没有针对 MyBatis 有具体的支持，但对 Hibernate 的集成一直是有的。

但这并不表明 MyBatis 无法与 Spring Boot 集成，毕竟现在互联网企业，还是很流行使用MyBatis 和 Spring 。MyBatis 官方社区自身也是有 对 Spring \ Spring boot 集成做支持的，所以在技术上，两者都不存在问题。相关框架可以见 https://github.com/mybatis/spring 和https://github.com/mybatis/spring-boot-starter 。