JNIEnv接口提供了一组与异常相关的函数集，在运行过程中可以使用java类查看这些函数。

public class JavaClass{
// 抛出方法
private void throwingMethod() throws NullPointerException{
throw new NullPointerException("Null Pointer");
}
}

调用throwingMethod方法时，accessMethod原生方法需要显示地做异常处理。JNI提供了ExceptionOccurred函数查询虚拟机中是否有挂起的现象。例如，原生代码中的异常处理：

jthrowable ex;
……
(*env)->CallVoidMethod(env,instance,throwingMethodId);
ex = (*env)->ExceptionOccurred(env);
if(0 != ex){
(*env)->ExceptionClear(env);
/*Exception handler*/
}

JNI也允许原生代码抛出异常。因为异常是java类，应该先用FindClass函数找到异常类。用ThrowNew函数可以初始化且抛出新的异常，例如：

jclass clazz;
……
clazz = (*env)->FindClass(env,"java/lang/NullPointerException");
if(0 !=clazz){
(*env)->ThrowNew(env,clazz,"Exception message");
}